Период цветения раньше считался порой, когда никакие мероприятия по борьбе с вредителями и болезнями не проводились. Это ограничение было связано с вредным воздействием химических препаратов на пчёл. Однако проверенные исследования показали, что отдельные препараты можно применять и во время цветения.
Это особенно важно, если цветение совпадает с холодной дождливой погодой. Если цветение вишни, черешни, абрикоса и др. косточковых культур проходит при холодной дождливой погоде, то через рыльца пестика цветки инфицируются грибом возбудителем монолиального ожога, в результате восприимчивые сорта теряют почти весь урожай. Заражённые цветки усыхают, приобретают вид обожжённых огнём, но не опадают, оставаясь на дереве более года. Гриб проникает в плодушки, побеги, и они так же засыхают. Для защиты вишни, абрикоса, айвы и восприимчивых сортов яблоки от монилиального ожога, если цветение проходит при холодной дождливой погоде, деревья опрыскиваются в часы, когда нет лёта пчёл хлорированной окисью меди.
Против парши на яблонях и грушах проводят опрыскивание после цветения однопроцентной бордоской жидкостью или хлорированной окисью меди. Через десять дней опрыскивание повторяют.
Во время цветения большой ущерб могут нанести гусеницы пядениц, особенно если опрыскивание не проведено в период обнажения бутонов. Надо внимательно обследовать каждое дерево, особенно внутри коры. Если на каждые десять листьев будет приходиться одна-три гусеницы, то деревья следует опрыснуть биологическим препаратом лепидоцидом.